普通的上班族藤木戶健二，他的妻子在忍者斗爭中喪命。在他瀕死之際，竟然被神祕的忍者靈魂附身了！撿回一命的藤木戶，從此成為“忍者終結者”，專門終結忍者，為了復仇而戰(zhàn)！以近未來都市新埼玉為舞臺，忍者殺手VS忍者的生死決斗揭開序幕.....