漆黑的夜晚,一名間諜悄然潛入日本警方某機(jī)構(gòu),盜走了記載著各國(guó)諜報(bào)機(jī)構(gòu)重要數(shù)據(jù)的絕密文件的絕密數(shù)據(jù)。日本警方和FBI探員赤井秀一(池田秀一 配音)旋即與間諜展開追逐。最后,逃亡者的車輛墜落懸崖。第二天,柯南(高山南 配音)和伙伴們來到東都水族館觀光,結(jié)果發(fā)現(xiàn)一名受傷的美麗女子(天海佑希 配音)。該女子處于失憶狀態(tài),身上的手機(jī)也破損無法使用。柯南等人答應(yīng)要幫她恢復(fù)記憶,當(dāng)他們七嘴八舌之際,藏在暗處的黑衣組織成員貝爾摩德(小山茉美 配音)冷冷地注視著這一切。在相處過程中,女子非凡的身手和奇怪的言行舉止讓灰原哀(林原惠美 配音)對(duì)其真實(shí)身份產(chǎn)生懷疑。剛剛還一派祥和的水族館,沉浸在快樂之中的人們,根本會(huì)想到隨著那名神秘女子技藝的恢復(fù),自己馬上就要被卷入黑暗組織的殺戮和混亂之中……