《果寶特攻3》講述了菠蘿吹雪偶然間穿越到了古代的水果世界。古代水果尚未經過培植改良，都是野果，菠蘿吹雪從他們身上學習到中華兵法及古代書畫，立志成為為民除害的英雄。菠蘿吹雪開始修復時光機的旅程，竟然遇到了水果伙伴們的祖先，最后幫助他們打敗了火龍果，并順利回到現代。