故事將從沉睡在福薩馬格納的古代化石集合在一起，變成巨大的怪獸并前往東京的背景下展開。人類將其視為自然災害，只有妖怪們注意到了真相，開始擔心未來。這樣下去世界就會滅亡。能夠封鎖這一現(xiàn)象的是繼承了傳說中妖怪獵人血統(tǒng)的琦玉縣所澤市小學生渡邊兄，被視為拯救世界的勇者的少年和卷入其中的妖怪們展開了大冒險。